Eine Naturkatastrophe im Forst ließ die Einwohnerzahl 1889 sprunghaft anschwellen. Der Nonnenfalter hatte sich des Waldes bemächtigt, in dem man allzu einseitig fast nur Fichten geduldet hatte. Durch den Nonnenbefall und durch Wirbelstürme wurden 36 qkm Wald (d. h. 54 %) vernichtet. Die Aufräumungsarbeiten verlangten einen riesigen Arbeitsaufwand. Bis tief in den Forst hinein bauten Pioniere eine „Waldbahn", um die riesigen Holzmengen fortzuschaffen. Wenn Angehörige der Holzhauer die Ortsbezeichnung nicht genau kannten, schrieben sie einfach „bei den Nonnen", und die Post kam richtig an. Viele Waldarbeiter sind damals in Kirchseeon sesshaft geworden.
Da die kleinen Kirchen in Kirchseeon-Dorf, Neukirchen und Buch nicht mehr ausreichten, wurde 1894 ein Kirchenbauverein gegründet. Bereits am 29. Oktober 1899 konnte das neue, dem Hl. Joseph gewidmete Gotteshaus geweiht werden. Nach dem Zweiten Weltkrieg erfolgte eine Erweiterung.
1901 entstand das neue Schulhaus in Kirchseeon-Bahnhof. Es wurde im Laufe der Jahre dreimal vergrößert. Ebenfalls um 1901 errichtete die Ortskrankenkasse München in Kirchseeon-Bahnhof ein Erholungsheim, das später als Lungenheilstätte diente und 1965 aufgelöst wurde. Heute steht auf dem Gelände das Berufsförderungswerk.
Zu einer Krise kam es 1910/11, als einige Sägewerke schließen mussten und Entlassungen erfolgten.