1950 am Forstgatter entdeckte Hügelgräber, die der Hallstattepoche angehören dürften, beweisen, dass in diesem Bereich schon vor 2500 Jahren Menschen sesshaft geworden sind. Den Trägern dieser Kultur folgten um 400 v. Chr. die Kelten, worauf Einzelfunde aus der Latene-Zeit hindeuten. Der historische Atlas Ebersberg gibt an, dass Kirchseeon-Dorf 842 als „Sevun" erstmals genannt wird. „Ad sevun" heißt: „am See gelegen".
Nun gab es schon seit eh und je im heutigen Landkreis Ebersberg zahlreiche Orte namens „Seeon". Um eine Unterscheidung zu ermöglichen, fügte man das Bestimmungswort „Kirch-" hinzu. Der Name „Chirichsewen" erscheint erstmals im 14. Jahrhundert.
Die Kirche St. Coloman geht auf eine Stiftung der Gräfin Richardis im Jahre 1000 zurück. In der kleinen romanischen St.-Coloman-Kirche verdienen die gotische Sakramentsnische und die Glasgemälde Beachtung. Der barocke Turm stammt aus dem 17. Jahrhundert. Ein Gedenkstein vor dem Gotteshaus erinnert an die Pestopfer. In den kirchlichen Urkunden wird häufig Kirchseeon in Verbindung mit dem Kloster Ebersberg genannt.
Zu Beginn des 18. Jahrhunderts bedeckte noch dichter Wald das Gebiet, in dem wir heute das weit nach Westen vorgezogene Kirchseeon sehen. „Holzland" hieß diese Gegend damals.
Zu Beginn des 19. Jahrhunderts wurden Familien aus dem Bayrischen Wald als Holzarbeiter angeworben. Sie erhielten zwischen dem Spannleitenberg und Eglharting Grund und Boden zinsfrei zum Siedeln.